Der Fachbereich Chemie verfügt über zwei eigene Fachräume für den Chemieunterricht und einen Sammlungsraum mit einer hochwertigen Chemikalienausstattung. Alle Fachräume sind mit einem eigenen Abzug bestückt, so dass das Experimentieren mit gesundheitsgefährdenden Stoffen möglich ist.

Die Rechneranlage und die Fachräume 206, 208 und 209 des Werner-von-Siemens-Gymnasiums sind für den Einsatz im Informatik- und ITG-Unterricht sowie weiterem Fachuntrricht konzipiert. Es ist eine Mehrbenutzeranlage, die ausschließlich Unterrichtszwecken dient. Neben Systemdateien befinden sich auf den Speichern der Anlage auch alle Dateien von Schülern und Lehrern. 

Das Werner-von-Siemens-Gymnasium hat mit der Einrichtung der Schnelllernerklassen ein Enrichmentkonzept für die Schülerinnen und Schüler dieser Klassen entwickelt, das seit dem Schuljahr 2011/12 erfolgreich umgesetzt und weiterentwickelt wird. 

Die Beurteilung und Bewertung von Schülerleistungen ist eine der zentralen im Schulgesetz für Berlin beschriebenen Aufgaben der Lehrkräfte.

Der Schauspieler Karl Maslo hat im November 2010 das Theaterstück "Süchtig" für alle Mittel- und Oberstufenklassen in der schuleigenen Aula aufgeführt. Eindrucksvoll hat er verschiedene Wege in ein süchtiges Leben aufgezeigt. Mit wenigen Mitteln hat Maslo Ursachen, Höhen und den endlosen Fall eines Süchtigen miterleben lassen.